El museo, cerrado en 2005, fue fundado en 1892 por el arqueólogo italiano Giuseppe Botti y se encontró bajo la dirección italiana hasta el año 1952.
La firma del proyecto tuvo lugar en El Cairo bajo la atenta mirada de expertos italianos como Edda Bresciani y Antonio Giammarusti. Ambos han dedicado gran parte de su vida a desvelar los misterios del antiguo Egipto, con este acto pretenden ahondar en el conocimiento y preservar gran parte de nuestra historia por medio del trabajo en las zonas arqueológicas de Saqqara y Medinet Madi.
Parte de la financiación provendrá de una sustitución de la deuda italiana.
