En el atrio de la Catedral de San José, en Tula, se han encontrado restos de edificios Toltecas y ocupaciones mexicas de hace unos 900 o 1000 años después de Cristo. Además de estos, se han encontrado también restos de vestigios coloniales pertenecientes a la primera mitad del siglo XVI.
Con el apoyo del Instituto Nacional de Antropología e Historia y de la diócesis de Tula, el arqueólogo estadounidense Shannon Dugan encontró los restos como parte de una investigación sobre los primeros lugares franciscanos de la región.
Las estructuras halladas certifican que la catedral se inició en 1550, 20 años después de la capilla abierta. En una de las excavaciones los arqueólogos encontraron roca basáltica y caliza estructurada en bloques, por lo que podrían pertenecer a una estructura colonial del siglo XVI. En otra excavación se encontraron con un real (moneda de la época colonial).
Bajo los restos coloniales, profundizando en el suelo, se pudieron observar restos de ocupaciones mexicas. Con respecto a estos materiales se saben que corresponden al periodo Azteca entre el siglo III y IV.