Un grupo de investigadores en el año 2015 gracias al uso de tecnología de punta, lograron verificar que bajo la estructura de la pirámide de Kukulcán se encuentra un cenote de 25 x 35 metros con una profundidad de 25 metros.
La investigación realizada apunta al hecho de que este y varios cenotes, podrían estar interconectados por medio del Gran Acuífero Maya alineándose con otros cuatro cenotes importantes cercanos.
Estos cenotes son: El Cenote Sagrado al norte, Xtoloc al sur, Kanjuyum al este y el de Holtún al oeste.
De igual manera, los arqueólogos encargados del estudio del cenote de Kukulcán piensan que bajo la gran pirámide debería haber un pasaje hacía este cenote, en el que los antiguos mayas debieron realizar ofrendas y rituales religiosos.