Estimulados por el gran horror del saqueo del Roma de 1527, los florentinos se volvieron contra las normas de los Médici y establecieron un autogobierno en la República. Ésta heredó las alianzas de la anterior república.
Esto dejó a Florencia en el único poder en Italia que combatía los ejércitos españoles y del Sacro Imperio Romano. El 24 de octubre de 1529 las tropas imperiales llegaron a Florencia. La ciudad no estaba preparada para defenderse. El Papa Clemente VII y Carlos I de España (Carlos V) querían devolver el poder de la poderosa ciudad a su familia, los Médici. La ciudad entonces creó un comité llamado “Los Nueve de las Milicias” para trabajar en las fortificaciones. Y se nombró gobernador a Michelangelo Buonarroti, Miguel Ángel.
Las construcciones realizadas en su época no se conservan pero sí un diseño de sus fortificaciones para la Porta al Prato di Ognissanti. Que se pueden encontrar hoy en la Casa-Museo Buonarroti.
Miguel Ángel lo organizó absolutamente todo dentro de la ciudad, quizá su gran error fue nombrar a Malatesta Baglioni como comandante del ejército de Florencia. Más tarde, el gran artista cuestionó su fidelidad. Estaba en lo cierto, Baglioni fue un traidor, entregó Perugia sin intento de batalla. Miguel Ángel intentó antes avisar al gobierno de la ciudad de que Baglioni no era honrado pero le fue en vano, entonces Miguel Ángel escapó, fue declarado bandido y se le confiscó su propiedad.
El asedio a Florencia duró diez largos meses. El ejército de la ciudad fue liderado esta vez, por Francesco Ferruccio. Pero tras ese tiempo y debido también a cuestiones internas de conflictos en el gobierno, Florencia cayó el 10 de agosto de 1530. Y después comenzó la persecución contra los que se opusieron a los Médici, Miguel Ángel permaneció escondido tres meses, debido a su política que llevó a cabo en su día contra esa familia, hasta que fue indultado por el Papa si volvía a trabajar para la familia más famosa de Florencia.
Miguel Ángel estuvo escondido en un pequeño pasillo de la Capilla de los Médici, en Florencia, en la cual dejó múltiples grafitis (grabados). Era una habitación desconocida y lo fue, hasta 1975 que fue descubierta debido a un trabajo estructural llevado a cabo en esa capilla. Los dibujos hoy día están en estado muy delicado debido al paso del tiempo.
