Las excavaciones realizadas en el sitio arqueológico, han revelado que el templo se construyó en dos fases, una que del año 1000 al 800 a.C., y la segunda del 800 al 400 a.C., siendo un dato de importancia revelado en las excavaciones, que el edificio presenta influencia del etilo arquitectónico de la costa, revelando la importancia religiosa del templo.
En los hallazgos relativos a la primera fase, los arqueólogos develaron la plataforma rectangular, acompañada de tres estructuras de plantas rectangulares, encontrando un altar donde se sacrificó un conejillo de indias.
Dentro de los elementos arquitectónicos de esta primera fase, se observa una pintura y ornamentación que concuerda con elementos arquitectónicos de la costa, lo que revela que el Templo de Rurupa era un importante centro de peregrinación.
En la segunda fase todo lo realizado en la época anterior es enterrado, y las pequeñas rocas son cambiadas por una mega construcción que utiliza bloques grandes de piedra. Esto demuestra que no solo habían alcanzado un nuevo nivel tecnológico, sino que se manejaba una ideología diferente.