Felipe II nació el 21 de mayo de 1527 en Valladolid. Sus padres eran el rey Carlos I e Isabel de Portugal. El 10 de mayo de 1529 fue nombrado heredero de la corona de Castilla. Debido a los continuos viajes del emperador, su madre fue quien le educó en aquellos años. Contaba con dos tutores: Juan Martínez Siliceo le enseñaría a leer y escribir, y Juan de Zúñiga sería su ayo. Entre los dos enseñarían al príncipe los fundamentos de la política y el saber.
Debido a esta educación, la relación del príncipe con su madre fue muy estrecha, por lo que su muerte en 1539 le dejó profundamente marcado. Comenzaría a entrar en política debido a que fue nombrado regente del reino por la marcha del rey a Gante. Gracias a los consejeros pudo familiarizarse con rapidez con los asuntos de Estado.
El 15 de noviembre de 1543 contraería matrimonio con su prima María Manuela de Portugal, pero la joven falleció un año después al dar a luz al príncipe Carlos, el 12 de julio de 1545. Su segunda boda tendría lugar casi diez años después, el 25 de julio de 1554, con María Tudor, reina de Inglaterra, ya que la alianza con esta nación era harto provechosa para el emperador.
Ese mismo año Felipe recibiría el título de rey de Nápoles y duque de Milán. Además, el 25 de octubre del año siguiente recibiría la soberanía sobre los Países Bajos. Gracias a su cercanía con el pueblo fue convirtiéndose en un rey querido. Justo al año siguiente, el rey Carlos I abdicaba en su hijo, por lo que Felipe sería nombrado rey de Castilla y Aragón, convirtiéndose en el rey del imperio más importante de aquellos tiempos. Sin embargo, el imperio alemán y los territorios de los Habsburgo pasaban a su tío Fernando, quedando la familia dividida en dos ramas, la austriaca y la española.
En marzo de 1557 regresó a Inglaterra para pasar tiempo con su esposa y tratar de concebir un heredero, pero en verano de ese año tuvo que marchar hacia los Países Bajos para tomar parte en la batalla de San Quintín, que tuvo lugar el 10 de agosto de 1557. Así terminaba el enfrentamiento con Francia gracias al tratado de Cateau-Cambresis, con el que Italia quedaba en manos españolas. Además, Felipe había quedado viudo al morir María en 1558, por lo que para sellar el trato se casó con Isabel de Valois.
Al año siguiente llegó a España y decidió realizar reformas en el gobierno, sentando las bases para una administración pública moderna. Una de las medidas que más destacan es la instauración de Madrid como la capital del reino, estableciendo de forma permanente la corte en la villa.
Gracias a la paz firmada con Francia, pudo frenar el expansionismo turco en el Mediterráneo y en el norte de África, protagonizando la famosa batalla de Lepanto el 7 de octubre de 1571 al lado de Roma, Venecia y Génova, la denominada Liga Santa. Don Juan de Austria sería el encargado de dirigir las naves durante la batalla. También sería el protagonista a la hora de terminar con las revueltas de los moriscos en Granada en 1568. Sin embargo, se logrará poner freno a los turcos por vía diplomática. Gracias a ello, el rey podía centrarse en los conflictos del Atlántico y en la guerra que se estaba desarrollando en los Países Bajos.
Los problemas llegarían en 1568 cuando falleciesen su esposa y el príncipe Carlos, quedando sin heredero varón al trono; además, el príncipe de Orange invadiría los Países bajos. En 1570 volvió a contraer matrimonio con su sobrina Ana de Austria, con quien tendrá cinco hijos pero de los que sólo sobreviviría uno, el futuro Felipe III. La reina murió en 1580, quedando Felipe II viudo hasta su muerte.
Durante la década de los 70 se producirían tensiones en la corte madrileña. Se habían creado dos facciones que querían hacerse con el favor real. Una era la liderada por el duque de Alba, y la otra por el príncipe de Éboli, que a su muerte sería sustituido por Antonio Pérez. Estos enfrentamientos casi colapsaron la administración y tuvieron su punto álgido con la muerte de Juan de Escobedo, secretario de don Juan de Austria, el 31 de marzo de 1578.
Para agravar el panorama, la situación en los Países Bajos se iba complicando cada vez más. Don Juan de Austria trató de resolver el conflicto, pero falleció en Namur en 1578. El cardenal Granvela sería nombrado secretario de Estado para tratar de resolver la crisis política y financiera por la que pasaba el reino.
En este momento comenzaba la segunda parte del reinado, marcado por el declive físico y moral del rey. Felipe había sido nombrado rey de Portugal en 1580 por las cortes de Tomar y en 1581 lo anexionó a sus territorios. Sin embargo, el hecho que marcó el declive fue la conocida Armada Invencible.
Isabel I había sido nombrada reina de Inglaterra años antes y había decidido intervenir en los enfrentamientos de los Países bajos. Esto hizo que la balanza se pusiera a favor de los rebeldes holandeses. Felipe II decidió reunir una gran flota naval y enviarla a Inglaterra, la conocida como Armada Invencible. Con ella pretendía invadir el país. Sin embargo, debido a las condiciones climatológicas y a enfrentamientos con los ingleses, en 1588 tendrá lugar el desastre de la armada y supondría el declive del rey.
Debido a las enfermedades y achaques que afectaban al rey, fue descuidando progresivamente las funciones del Estado y no podía controlar todos los asuntos como anteriormente. Se crea entonces la Junta de Noche para colaborar en las decisiones del monarca. Años después se crearía la Junta Grande, encargada de hacer frente a la crisis económica.
Tampoco tuvo éxito al tratar de situar a su hija Isabel Clara Eugenia en la corte de Francia, ya que sería coronado rey Enrique IV. Hubo enfrentamientos en el norte de Francia que favorecieron a los holandeses. Estos enfrentamientos tendrían fin con la Paz de Vervins en 1598, según la cual estos territorios quedaban bajo el dominio de Isabel Clara Eugenia, que había contraído matrimonio con el archiduque Alberto.
La salud del rey se iba deteriorando cada vez más, afectado de gota y artrosis. En junio de 1598 el rey quedó postrado en cama debido a las fiebres que le sobrevinieron, produciéndole tales dolores que apenas podía moverse. El 13 de septiembre de ese año fallecería en el monasterio de El Escorial. Le sucedió en el trono su hijo Felipe III.
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